地质学家田所博士作深海调查，竟发现一个惊人结论，日本将于三百天内陆沉，这时候，关东地区正发生大地震，东京高楼大厦夷为平地到处火灾，灾民争相逃命。海底火山队负责人地质学家田所租用了海神号到海底深沟进行勘探，却有了一个惊人的发现：由于地壳运动，日本列岛将有可能在短时间内从这个世界上消失，沉没于海底。他将这个消息告诉其他科学家，却遭到大家的耻笑。

　　很快，天成火山爆发，周边数公里的人们被火海和熔岩包围。同时，火山喷发引发了海啸和地震，造成受灾地区数百万人丧生。日本政府此时才开始关注田所提出的日本沉没说。为了不引起恐慌，日本首相任命田所带领科学家秘密研究方案对策，并由内阁大臣开始了对邻国的游说工作。日本政府向各国提出支援请求，希望各国能够在日本从世界版图上消失前接纳日本人。经过努力，终于有1000万左右人口的去向有了定论。但相对于拥有一亿一千万人口的日本来说，这个数字只是冰山一角。

　　与此同时，科学家们正在努力制定各种对策。曾经和田所一起勘探海沟的潜艇工作人员小野寺也加入田所的研究小组，和大家一起为整个日本寻找出路。小野寺独身多年，刚刚经人介绍与富家女阿波铃子相识，坠入爱河的两个人不得不再次分开。眼看各地地震、海啸频发，日本政府却束手无策。无奈下日本政府只得向联合国提出救援请求，希望有更多的国家加入到拯救日本的行列中。同时，科学家们也已经制定了疏散计划，并通过了首相及内阁的审查。

　　阿波铃子购买了机票准备和小野寺一起离开日本，此刻日本政府已经将日本面临的危险向民众公布，经济条件允许的人都在着手办理离开日本的手续。然而一场较大的余震让小野寺改变了离开的决定，他让阿波铃子先行到达机场，自己随后会到机场汇合。再一次的火山喷发使阿波铃子和无数人被困，小野寺发疯似的冲向现场，他发誓要找到阿波铃子。人们开始分批撤离，但田所教授却不顾首相的劝阻选择留在这里。日本是他的祖国，作为一名科学家，他的使命已经完成。此刻要做的就是留在这里，同自己的祖国一起同生共死。

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